1871年10月18日（明治4年，同治10年）10月一艘琉球國向那霸上繳年貢的山原號， 回航時遭遇颱風，漂流至台灣東南部八瑤灣（即今之九棚灣），船上69名乘客溺死3人，有66人登陸。幾天後遇上高士佛社原住民，54人慘遭殺害，死者包括仲宗根豐見親（忠導氏玄雅）十四世孫忠導氏玄安，逃過一劫的其餘12人則在當地漢人楊友旺、楊阿才營救下前往台灣府，由清政府官員安排轉往福州琉球館，乘船歸國。史稱宮古島民台灣遭害事件。此類事件在當時不時發生，按慣例皆由中國政府撫卹並送回琉球王國與日本政府無涉。
但日方於1871年日本明治政府「廢藩置縣」時，薩摩藩改為鹿兒島縣，原本為薩摩藩屬的琉球王國被改隸於鹿兒島縣，1872年日本政府單方廢止琉球王國，設置「琉球藩」，1873年日本政府外務卿副島種臣向清國總理衙門提起此事時，大臣毛昶熙答覆：「二島（琉球與台灣）俱我屬土，屬土之人相殺，裁次固在於我，我恤琉人，自有措置，何預貴國事，而煩為過問？」日本拿出被害者中有四位小田縣漁民的證據，又追問「貴國既然已知撫卹琉球民，為何不懲辦台番？」，毛以殺人者為置之化外的生番來搪塞，副島便言：「生番害人，貴國置之不理，我國有必要問罪島人，因與貴國盟好，特先來奉告」，毛昶熙不察日使意圖，隨口搪塞：「生番係我化外之民，問罪與否，聽憑貴國辦理。」日方遂抓住這句話柄，向「番界」出兵。
日本以陸軍中將西鄉從道（西鄉隆盛之弟）為「蕃地事務局都督」，向英、美等國租用輪船，僱用美國軍事顧問李仙得（C. W. Le Gendre），準備對臺灣出兵，並事先派遣樺山資紀、水野遵來台做情報。
